1.全身支持治療
對施行大手術患者,手術前注意補充營養,亦可肌注丙種球蛋白以提高機體免疫機能。也可試用注射轉移因子,免疫核糖核酸、胸腺素等,亦可用白細胞介素-2。
2.病因治療
如由于巨結腸,膽囊炎引起的腸球菌過度繁殖；維生素缺乏造成的腸球菌減少或消失；小腸蠕動過快而引起的酵母菌過多等,都必須先除去病因,然后再扶持正常菌群。
3.調整菌群治療
（1）飲食調整 發酵性腹瀉應限制碳水化合物；腐敗性腹瀉應限制蛋白質的攝入。增強腸黏膜的局部防御屏障功能,防止細菌易位,應增加纖維食物。
（2）抗菌藥物 立即停止原抗生素,應根據菌群分析以及抗菌藥物敏感試驗,選用合適的抗生素以及抑制過度繁殖的細菌,從而間接扶植腸道繁殖不足的細菌。此外還可采用廣譜抗菌藥物將腸道細菌大部分消滅,然后再灌入正常腸道菌群的菌液以使其恢復。
（3）益生菌制劑 目前常用的益生菌制劑有嗜酸乳桿菌、保加利亞乳桿菌、乳酸乳桿菌、芽胞乳桿菌、雙歧桿菌、糞鏈球菌、大腸桿菌、糞桿菌和枯草桿菌等。還可以用正常人大便懸液做成復方活菌制劑用來治療艱難梭菌引起的偽膜性腸炎,收到較好的效果。
（4）益生元制劑 口服益生元制劑,亦可達到扶植正常菌群的目的。如用乳醣扶植腸桿菌,用葉酸扶植腸球菌。應用半乳糖甙-果酸,受細菌分解后形成乳酸或醋酸,使pH值降低,抑制其他細菌,而支持乳桿菌生長。
（5）耐藥性腸球菌制劑 日本目黑氏等采用增厚傳代培養法獲得了耐鏈霉素、紅霉素、四環節、氨芐青霉素的腸球菌一類鏈球菌BIO—4R株。經動物和人體內試驗表明,本菌具有耐多種抗菌素性,故能阻止其他菌群異常繁殖,克服菌群失調,改善大便性狀異常,且比以往單用抗菌素治療療效迅捷,并能防止糞鏈球菌BIO—4R株的耐藥因子向大腸桿菌K—12株轉移。
（6）中醫中藥 中醫認為：“泄瀉之本,無不由于脾胃”。急性泄瀉病多偏實,責在脾胃；慢性泄瀉病多為虛,每及脾腎。前者當清熱化濕,后者應高補脾腎。