阿米巴腸病需和細菌性痢疾、血吸蟲病、腸結核、結腸癌、慢性非特異性潰瘍性結腸炎等鑒別。
1.細菌性痢疾
起病急，全身中毒癥狀嚴重，抗生素治療有效，糞便鏡檢和細菌培養有助于于診斷。
2.血吸蟲病
起病較緩，病程長，有疫水接觸史，肝脾腫大，血中嗜酸粒細胞增多，糞便中可發現血吸蟲卵或孵化出毛蚴，腸黏膜活組織中可查到蟲卵。
3.腸結核
大多有原發結核病灶存在，患者有消耗性熱、盜汗、營養障礙等；糞便多呈黃色稀粥狀，帶黏液而少膿血，腹瀉與便秘交替出現。胃腸道X線檢查有助于診斷。
4.結腸癌
患者年齡較大，多有排便習慣的改變，大便變細，有進行性貧血，消瘦。晚期大多可捫及腹塊，X線鋇劑灌腸檢查和纖維結腸鏡檢查有助于診斷。
5.慢性非特異性潰瘍性結腸炎
臨床癥狀與慢性阿米巴病不易區別，但大便檢查不能發現阿米巴，且經抗阿米巴治療仍不見效時可考慮本病。