本病常易誤診為肺炎、胸膜炎、肺水腫、肺不張等，應與之鑒別。
肺炎患者先發燒，全身中毒癥狀明顯，體溫、脈搏、呼吸同步上升，胸痛輕，鐵銹色痰持續時間短，治療后吸收快，無急性肺心病，無肺門截斷征，與肺梗塞不同。胸膜炎肺內無錐形實變、無咳血癥狀。肺水腫多為雙側，無劇烈胸痛，無肺門截斷及錐形實變，治療后吸收快， 與肺梗塞不同。
由于肺梗塞大都發生在患有心肺疾患的病人中，所以如在胸片上同時見有肺心病、肺淤血以及肺水腫等征象時，則應考慮肺部實變為肺梗塞的可能。在無心肺疾病的病人中，肺梗塞可引起肺出血而不產生肺梗塞，此時肺出血的X線表現不易與肺梗塞區別。當心肺無其他明顯改變可提示肺出血可能性大。單純肺出血可于7-10天或更短時間內完全消失，并無殘留痕跡，肺梗塞的消退較為緩慢，平均需要20天左右，可長達5周，大多數病例可殘留纖維瘢痕的索條狀陰影。