鏈球菌的分類方法有多種，常見的有以下3種：
1.根據溶血現象分類可分為3類
(1)甲型溶血性鏈球菌(α-hemolytic streptococcus)：這類鏈球菌亦稱為草綠色鏈球菌(streptococcus vividans)，是人類上呼吸道的正常菌群，只有在受損的心瓣膜、腦膜上或泌尿生殖道中能引起疾病，為條件致病菌。
(2)乙型溶血性鏈球菌(β-hemolytic streptococcus)：此類鏈球菌亦稱為溶血性鏈球菌(hemolytic stretococcus)。乙型溶血性鏈球菌致病力強，常引起人和動物多種疾病。
(3)丙型鏈球菌(γ-streptococcus)：不產生溶血素，菌素周圍無溶血球，故亦稱不溶血性鏈球菌(non-hemolytic streptococcus)。無致病性，常存在于乳類和糞便中，有時偶爾引起感染。
2.根據抗原結構分類 按鏈球菌細胞壁中的特異性C多糖抗原不同，可分為A、B、C、D……等18族。對人致病的鏈球菌，90%屬于A族。同族鏈球菌之間因表面蛋白不同又可分若干亞型，如A族鏈球菌，根據其M抗原不同可分為80個亞型，A族鏈球菌亦稱為化膿性鏈球菌。
3.根據對氧的需要分類 分需氧性、兼性厭氧性、厭氧性鏈球菌3類。對人類致病者主要為前兩類。
以上分類法以抗原結構分類法最合理。