主要是精神障礙的鑒別診斷。器質性與非器質性精神障礙的鑒別十分重要，否則會延誤診斷和治療。有時在一些器質性病因不明顯的病例鑒別甚為困難，如上所述軀體疾病有時會出現一些功能性精神疾病癥狀，如焦慮、抑郁、類精神分裂癥、躁狂等，此時要區別是軀體疾病伴發的器質性精神障礙，還是為其所誘發的精神疾病；當軀體疾病伴有失眠、焦慮、抑郁等癥狀時，是由生物學因素的影響，還是軀體疾病帶來的心理應激所致；既精神分裂樣表現需要與精神分裂癥相鑒別。臨床往往很難區分，而且兩者也常常是共存的。癥狀性精神障礙實質是指前者。兩者的鑒別主要依靠醫生掌握全面的病史（包括軀體和精神疾病史），根據慢性肺部疾病史、肺功能不全及陣發性精神紊亂，病程中可能出現的意識障礙，仔細的體格檢查及相應的生化及內分泌等實驗室陽性發現，進行綜合判定以資鑒別。
