多有長期潰瘍病史和近期加重病史，但約10%病人無明確潰瘍病史。飲食不當、情緒變化等可誘其發生。潰瘍穿孔臨床經過可分為三個階段：
第一階段（初期） 驟發性劇烈腹痛，如刀割樣，呈持續性或陣發性加重。疼痛初始位于上腹部或劍突下，很快波及全腹，仍以上腹部為重，有時伴有肩背部放射。如胃內容物沿右結腸旁溝流至右下腹，可發生右下腹痛。因腹痛劇烈，可出現面色蒼白、四肢冰涼、冷汗、脈搏快、呼吸淺等，常伴有惡心嘔吐，可出現休克。
查體可見病人急性痛苦面容，仰臥拒動，腹式呼吸減弱，全腹有壓痛、反跳痛，腹肌緊張可呈“木板樣”強直，肝濁音界減小或消失提示氣腹存在。腸鳴音減弱或消失，腹腔穿刺可抽出胃腸內容物。
第二階段（反應期） 穿孔后1~5小時，因患者腹腔滲出液增多，流入腹腔的胃腸內容物被稀釋，腹痛可暫時減輕，患者自覺好轉，脈搏、血壓、面色與呼吸也恢復常態。但仍不能做牽涉腹肌的動作，腹肌緊張、壓痛、腸鳴音減弱或消失等急性腹膜刺激征象仍繼續存在。
第三階段（腹膜炎期） 在穿孔8~12小時后，多轉變成細菌性腹膜炎，臨床表現與任何原因引起的細菌性腹膜炎相似。患者呈急性重病容，可出現發熱、口干、乏力、呼吸脈搏加快，血壓下降等全身感染中毒癥狀。腹脹、全腹肌緊張、壓痛、反跳痛，移動性濁音陽性。腹腔穿刺可抽出白色或黃色混濁液體。病情嚴重，搶救不及者常因麻痹性腸梗阻、膿毒血癥或敗血癥、感染中毒性休克而死亡。