胃食管交界的解剖結構有利于抗反流，這些包括食管下括約肌月肌和隔食管韌帶、食管和胃之間銳角等。其中最主要的是食管下括約肌。它具有括約肌的功能，長約1.5-2.5cm，靜息時為一高壓區其壓力(LESP)達1.33-4.4kPa(10-30mmHg)火吞咽時食管下括約肌松弛，使食團通過，進人胃內正常人餐后也有生理性胃食管反流，反流物少，可由食物的重力、食管體部容量清除及唾液的化學清除作用，不引起食管效膜的損害，常無臨床癥狀。若食管下括約肌張力低下或有頻發松弛，就會出現病理性反流。如食管清除力低下，食管我膜容易受損，導致食管炎。過多的胃食管反流尤其是在夜間出現時，因刺激咽部發生咽喉炎，或反流物主要是酸或酸霧)吸人氣道引起氣道痙攣，繼發肺部并發癥。研究認為胃食管反流性疾病是由多種因素促成，概括而言其發生機理歸為兩個方面，一是抗反流的防御功能下降；二是反流攻擊因子的增強。