一、心絞痛
胃食管反流疾病有時其他反流癥狀不明顯而以胸骨后疼痛為主要表現，酷似心絞痛；且冠心病心絞痛與胃食管反流疾病同屬老年性疾病。二者極易混淆須進行鑒別，鑒別借助于心電圖，24h動態心電圖，食管24hpH監測。酸灌流誘發試驗。極難鑒別者可做冠狀動脈造影術。
二、胃食管反流疾病常有食管炎的并發癥，其D他原因引起的食管炎又伴有反流的癥狀。內鏡0檢查雖是診斷食管炎的可靠方法，但不能判斷其因果。一者鑒別主要根據病史X線鋇餐、食I管內測壓等尋找有元引起反流的原始原因。
三、食管的消化性狹窄
與食管炎情況相同，與胃食管反流可互為因果。鑒別主要根據病史，胃酸分泌、鋇餐、內鏡等綜合分析。病史中特別注意詢問有無服用強的食管腐蝕劑史，外科手術史。鋇餐和內鏡檢查有利顯示狹窄病變和引起狹窄的可能原因；胃酸分泌增高見于消化性狹窄，胃食管反流疾病無胃酸分泌過高。
四、食管腫瘤
食管腫瘤可有胃食管反流疾病癥狀，可通過鋇餐、內鏡鑒別。特別內鏡可一目了然地清晰看到腫瘤的位置、大小、形態，結合活檢病理確定其良惡性質
五、功能性消化不良(NUD)
常有胃食管反流疾病癥狀，二者鑒別需根據病史、胃食管測壓、食管24hpH測定、胃鏡。鋇餐。病史中應注意精神因素，胃食管測壓可能顯示，胃食管內壓降低或增高。鋇餐檢查可能表現食管胃蠕動增強或減弱，內鏡下無病理發現或有輕度淺表胃炎。
總之，伴有胃食管反流疾病癥狀的疾病很多，其鑒別方法主要根據病史、試驗性治療、根據不同情況選擇必要的器械檢查以明確診斷。病史中注意詢問引起胃食管反流疾病的可能原因；燒。動和反流較輕者可用促胃動力藥、抗酸劑、Hi受體桔抗劑進行試驗性治療，這些藥物的成功率可免去器械檢查，對病情重者或試驗治療不成功者再行內鏡檢查除外腫瘤和消化性狹窄；欲確定胃食管反流則需進行食管24hpH監測；若尋求胃食管反流的原因則往往需要進行食管胃壓力的測定。
診斷第一步必須了解病史，若只有輕度反流癥狀如燒心、泛酸、反食等用促進胃動力藥西沙比利、抑酸劑如HZ受體桔抗劑或抗酸劑試驗治療有效即可做出胃食管反流的診斷，不必版他諸多檢查，以免給患者帶來更多不便。對癥狀重或考慮有并發癥者或癥狀模糊者，或經治療無效者須進一步尋找反流的原因，須做各項有關檢查。
