一些患者訴咽部不適，有異物感、棉團感或阻塞感，但無真正吞咽困難，稱為癔球癥，可能與酸反流引起食管上段括約肌壓力升高有關。反流物刺激咽喉部可引起咽喉炎、聲嘶、反流物吸入器官和肺可反復發生肺炎，甚至出現肺間質纖維化；有些非季節性哮喘也可能與反流有關。上述情況，如伴隨的反流癥狀不明顯或被忽略，則會因治療不當而經久不愈。
（一）上消化道出血有反流性食管炎者，因食管粘膜炎癥、糜爛及潰瘍所致，可有嘔血和（或）黑糞。
（二）食管狹窄 食管炎反復發作使纖維組織增生，最終導致瘢痕狹窄，是嚴重食管炎表現。
（三）Barrett食管在食管粘膜修復過程中，鱗狀上皮被柱狀上皮取代稱之為Barrett食管。Barrett食管可發生消化性潰瘍，又稱Barrett潰瘍。Barrett食管是食管腺癌的主要癌前病變，其腺癌的發生率較正常人高30－50倍。
