脂肪瘤的病因目前并沒有完全明確，可能與炎癥刺激結締組織變性、脂肪組織代謝異常和障礙、腦垂體前葉性腺激素水平分泌異常、先天性發育不良、腸道營養不良等因素有關。約1/3多發性脂肪瘤患者可有家族史。
人體內有一種“脂肪瘤致瘤因子”。正常情況下，這種致瘤因子處于一種失活狀態（無活性狀態），正常情況下不會發病，但在各種內外環境的誘因影響作用下，這種脂肪瘤致瘤因子處于活躍狀態，具有一定的活性，在機體抵抗力下降時，機體內的淋巴細胞、單核吞噬細胞等免疫細胞對致瘤因子的監控能力下降，再加上體內的內環境改變，慢性炎癥刺激、全身脂肪代謝異常等誘因條件下，脂肪瘤致瘤因子活性進一步增強與機體的正常細胞中某些基因片段結合，形成基因異常突變，使正常脂肪細胞與周圍組織細胞發生一種異常增生現象，導致脂肪組織沉積，并向體表或各個內臟器官突出的腫塊，即脂肪瘤。
