亞麻酸的β-氧化在主體碳鏈上與其他脂肪酸并無二致，主要過程是從甘油酯上分離后轉運至特殊的過氧化物酶體-乙醛酸循環體（glyoxysome）中，在乙醛酸循環體中，通過與脂肪酸合成循環相反的過程即聲-氧化而最終轉化為乙酰CoA。這一過程在植物細胞內與乙醛酸循環相互偶聯，以盡快利用糖異生作用（ glyconeogenesis）實現無光合作用下的糖類再生。
β-氧化的過程可以看作脂肪酸合成的逆過程，即將脂酰CoA依次氧化為烯酰CoA、羥酰CoA、酮脂酰CoA，最后硫解釋放乙酰CoA的循環過程。問題是亞麻酸所含雙鍵并不能直接進入β-氧化，必須經過特殊的處理過程。
對于亞麻酸不同位置的雙鍵在β-氧化循環反應之前必須加入相應的中斷前處理。這一系列前處理根據雙鍵所在碳原子的序數奇偶也有些許出入。對于偶數碳原子上的雙鍵（如C18：1△6）有水合酶途徑和表異構酶途徑兩條；對于奇數碳原子上的雙鍵（C18：1△9）則僅有還原酶一異構酶途徑。