鏡下可見典型的脊索瘤由上皮樣細胞所組成, 細胞胞體大,多邊形,因胞質內含有大量空泡,可呈黏液染色故稱囊泡細胞或空泡細胞,細胞核小,分裂象少見,胞質內空泡有時合并后將細胞核推至一旁,故又稱為“印戒細胞”。有些地方細胞的界限消失,形成黏液狀合體。大量空泡細胞和黏液形成是本病的病理形態特點。