不同部位的腦內表皮樣囊腫需要與不同的腫瘤相鑒別。
1、原發性三叉神經痛
腦橋小腦角表皮樣囊腫單純三叉神經痛型，需要與原發性三叉神經痛相鑒別。原發性三叉神經痛發病年齡較大，多無陽性體征，疼痛發作較為典型。CT掃描有助于鑒別。
其他腦橋小腦角腫瘤（聽神經瘤、腦膜瘤）
聽神經瘤常以聽力損害為首發癥狀，而腦膜瘤則以顱內壓增高為主要表現，但有時對于腦橋小腦角腫瘤或顱內壓增高型表皮樣囊腫與腦橋小腦角聽神經瘤或腦膜瘤相鑒別，單靠臨床查體有困難，需要借助CT或MRI。
2、三叉神經半月節神經鞘瘤
顱中窩表皮樣囊腫需要與之相鑒別，顱底平片三叉神經半月節神經鞘瘤可見卵圓孔擴大，CT表現為均勻強化病灶。
3、鞍區腫瘤
鞍區表皮樣囊腫需要與垂體瘤、顱咽管瘤、鞍結節腦膜瘤等相鑒別。垂體瘤以視力下降、雙顳偏盲、內分泌障礙為主要表現。顱咽管瘤以內分泌障礙、發育障礙為主要表現。鞍結節腦膜瘤蝶鞍正常。
4、其他囊腫
CT上均表現為低密度區，但其CT值不同，強化后改變亦有差別。MRI有助于鑒別診斷。
總之，借助神經放射學，表皮樣囊腫鑒別診斷多不困難。