合成好的神經遞質要包裝到囊泡中貯存，以待釋放。不同的遞質包裝到不同的囊泡，它們在形態上能很容易區分。小分子遞質如乙酰膽堿和氨基酸，被包裝到直徑為40~60nm的小囊泡中，位于囊泡膜上的遞質轉運體主動把胞質內合成好的小分子遞質泵入囊泡內貯存。小囊泡電子密度低，在電鏡下中心明亮，故稱為中心明亮的小囊泡，也稱突觸囊泡。神經多肽則被包裝到直徑為90~250nm的大囊泡中，這種大囊泡的電子密度高，在電鏡下中心不透明，稱為中心致密的大囊泡，也稱分泌顆粒然而對于胺類遞質來說，它們既可以貯存在透明的小囊泡里，也可以像多肽類遞質一樣被包裝到致密囊泡中，這取決于特定的神經元種類。