細菌是引起膿尿的主要原因，以桿菌最常見，大腸埃希菌占60%～80%，其次為副大腸桿菌、變形桿菌、葡萄球菌、糞鏈球菌、產堿桿菌、產氣桿菌。復雜性腎盂腎炎常見綠膿桿菌。少數情況兩種或兩種以上細菌同時感染稱混合感染。除細菌外，還有霉菌、原蟲（絲蟲）、埃及血吸蟲、滴蟲、包蟲、巨病毒等。引起膿尿的病因較多，但大致可分為泌尿生殖系統疾病及其臨近器官和組織疾病兩大類。
1.泌尿生殖系統疾病
（1）腎臟疾病腎盂腎炎、腎膿腫、腎乳頭壞死、腎結核、腎結石、腎腫瘤、髓質海綿腎、腎小球腎炎、各種繼發性腎病等。
（2）輸尿管疾病輸尿管結石、腫瘤、巨大輸尿管、結核、炎癥等。
（3）膀胱疾病膀胱炎癥、結核、結石、腫瘤、異物等。
（4）尿道疾病尿道炎癥、結石、腫瘤、異物、憩室、狹窄、尿道旁腺炎或膿腫、龜頭炎、包莖炎等。
（5）前列腺疾病前列腺炎癥、膿腫、腫瘤等。
（6）精囊疾病精囊炎癥、膿腫等。
2.泌尿生殖系統
鄰近器官和組織疾病包括：腎周圍蜂窩組織炎或膿腫、輸尿管周圍炎或膿腫、闌尾膿腫、輸卵管及卵巢炎或膿腫、結腸憩室膿腫、盆腔膿腫等。