致病菌系一類嗜脂性酵母菌，稱為馬拉色菌。此類真菌是正常皮膚的腐生菌，僅在某些特殊情況下如高溫高濕，局部多脂多汗，衛生條件不佳等，糠秕孢子菌寄生密度增加，由腐生酵母菌轉化為菌絲型方可致病。此菌僅侵犯角質層淺層而不引起真皮的炎癥反應。本病遍布世界各地，常見于相對濕度較高的熱帶和溫帶地區。青年人，特別是男青年，由于活動多而出汗多，更容易發生花斑糠疹。花斑糠疹還多見于長期服用皮質類固醇激素的人，因這類人的表皮細胞更換周期延長，有利于真菌生長，若停用激素后花斑糠疹即好轉。此外，身體虛弱、營養不良、糖尿病以及妊娠都可誘發本病。