芽孢又稱為孢子。最先由Cohn在枯草芽孢桿菌中發現，隨后Koch在炭疽芽孢桿菌中發現并對其進行了描述。Cohn闡述了枯草芽孢桿菌的抗熱性，而Koch則詳細描述了炭疽芽孢桿菌的芽孢形成的周期。由于芽孢形成于細胞內部，所以又被稱為內生孢子，最終孢子要從母細胞或芽孢囊釋放出來。
芽孢是自然界已經發現的最具耐受性的細胞。處于休眠狀態的芽孢對熱、干燥、輻射、酸、堿和有機溶劑等殺菌因子具有極強的抵抗力。芽孢能在不利的環境條件下存活達十余年，甚至成千上萬年。當環境條件適宜時，芽孢又可萌發形成能夠分裂繁殖的菌體細胞。