病因尚無定論，文獻報道有內分泌學說、病毒學說和免疫學說等三種學說。
發病機制：
1.內分泌學說主張者認為病變范圍包括腦下垂體、卵巢、甲狀腺及腎上腺等。
2.病毒學說認為某種病毒作為誘因而觸發易感機體，Takabashi曾將原田病患者的玻璃體抽出注入兔腦池中，誘發視神經炎、葡萄膜炎。另有學者推測葡萄膜色素細胞變形是由“親色素細胞病毒”引起的。日本學者濱田、田上通過觀察患者的末梢血中淋巴細胞的動態發現淋巴細胞增高，白細胞核形左移及色素細胞與淋巴細胞的關系。
3.Yokoyama等發現葡萄膜大腦炎患者的血清中IgD水平增高，推測與免疫反應有關。此外，證實色素細胞既是抗原又是靶細胞。葡萄膜大腦炎可能與色素細胞抗原有關。