1、生物活性喪失
蛋白質的生物活性是指蛋白質所具有的酶、激素、毒素、抗原與抗體、血紅蛋白的載氧能力等生物學功能。生物活性喪失是蛋白質變性的主要特征。有時蛋白質的空間結構只要輕微變化即可引起生物活性的喪失。
2、某些理化性質
蛋白質變性后理化性質發生改變，如溶解度降低而產生沉淀，因為有些原來在分子內部的疏水基團由于結構松散而暴露出來,分子的不對稱性增加，因此粘度增加，擴散系數降低。
3、生物化學性質
蛋白質變性后，分子結構松散，不能形成結晶，易被蛋白酶水解。蛋白質的變性作用主要是由于蛋白質分子內部的結構被破壞。天然蛋白質的空間結構是通過氫鍵等次級鍵維持的，而變性后次級鍵被破壞，蛋白質分子就從原來有序的卷曲的緊密結構變為無序的松散的伸展狀結構（但一級結構并未改變）。所以，原來處于分子內部的疏水基團大量暴露在分子表面，而親水基團在表面的分布則相對減少，至使蛋白質顆粒不能與水相溶而失去水膜，很容易引起分子間相互碰撞而聚集沉淀。