在原核中，發現終止信號存在于RNA真核中的聚合酶已經轉錄過的序列之中。這種提供終止信號的結構就稱為終止子。
終止子可分為兩類。一類不依賴于蛋白質輔因子就能實現終止作用。另一類則依賴蛋白輔因子才能實現終止作用。這種蛋白質輔因子稱為釋放因子，通常又稱ρ因子。
兩類終止子有共同的序列特征。在轉錄終止點前有一段回文序列。回文序列的兩個重復部分(每個7～20bp)由幾個不重復的bp節段隔開。回文序列的對稱軸一般距轉錄終止點16～24bp。
兩類終止子的不同點是：不依賴ρ因子的終止子的回文序列中富含GC堿基對，在回文序列的下游方向又常有6～8個AT堿基對(在模板鏈上為A、在mRNA上為U)；而依賴ρ因子終止子中回文序列的GC對含量較少。在回文序列下游方向的序列沒有固定特征，其AT對含量比前一種終止子低。