據文獻報道，對健康志愿者口服放射性標記的阿卡波糖0.2g 的藥物動力學的研究表明：口服阿卡波糖后，有1-2%的活性抑制劑經腸道吸收，加上被吸收的經消化酶和腸道細菌分解的產物，共占服藥劑量的35%。
沒有或未發現阿卡波糖在體內有可測定到的代謝現象，相反在腸腔內阿卡波糖被消化酶和腸道細菌分解，其降解產物可于小腸下段被吸收。口服后阿卡波糖及其降解產物迅速完全地自尿中排出，服藥劑量的51%在96小時內經糞便排出。
