結腸病變以局限性粘膜下小膿腫開始，其孤立散在分布。組織破壞逐步向縱深發展，自粘膜下層直至肌層，形成口小底大的典型燒瓶樣潰瘍。早期病變僅可見粘膜小潰瘍，表面周圍略上翻，但邊緣不整齊，潰瘍表面可見深黃色或灰黑色壞死組織，在其深部可找到滋養體。潰瘍與潰瘍之間的粘膜一般正常，如無繼發細菌感染，則無炎癥反應。病變主要屬于組織壞死、細胞溶化的性質，而非炎癥。
潰瘍底部的血管有血栓形成，但有時病變可破壞小動脈釀成嚴重甚至危及生命的出血。潰瘍亦可穿破肌層直至腸壁，使后者變得極薄，腸內容可以滲漏至腹腔，或穿破腸壁，造成局限性腹腔膿腫或彌漫性腹膜炎。
在慢性病變中，息肉樣殘片可伸向腸腔。潰瘍愈合后仍可見到疤痕痕跡。由于滋養體反復侵入粘膜，加以細菌繼發感染，腸粘膜組織增生肥大，可出現大塊狀肉芽腫，成為阿米巴瘤(ameboma)，其多見于肛門、肛門直腸交接處、橫結腸及盲腸。阿米巴瘤有時極為巨大、質硬，難以同大腸癌腫鑒別。
阿米巴病變部位的分布依次為盲腸與升結腸、肛門、直腸、闌尾和回腸下段。滋養體可進入門靜脈血流，在肝內形成膿腫，且可以栓子形式流入肺、腦、脾等組織與器官，形成膿腫。
病變在顯微鏡下所見，組織壞死系其主要變化。輕度或中度淋巴細胞浸潤，并伴有少量中性粒細胞，此在有細菌繼發感染時更著。阿米巴滋養體滿布于整個病損中，尤其多見于病損擴展的邊緣，甚至在鄰近的正常組織中也有。
