腸阿米巴病應與細菌性痢疾相鑒別，后者起病急，發燒，全身狀態不良，糞便中白細胞多見，抗菌素治療有效，阿米巴滋養體陰性。阿米巴性肝膿腫則應主要與細菌性肝膿腫相鑒別，后者患者往往在50歲以上，全身情況差，伴發熱、疼痛，有胃腸道疾病既往史，阿米巴滋養體陰性。同時阿米巴肝膿腫亦應與肝癌、肝炎或其他膿腫相鑒別。
