免疫功能低下為隱球菌發病的重要誘因。環境中的直徑小于10μm，像煙霧大小的隱球菌經呼吸道吸入人體，一旦其沉積在呼吸道中，在較高的二氧化碳濃度的影響下，形成明顯的多糖莢膜保護層以拮抗宿主的防御機制。在肺組織內形成最初的感染灶，可引起肺門淋巴結腫大，也可以在胸膜下形成小結節，酷似結核分枝桿菌感染。多數健康人感染可以自愈或病變局限于肺部。在免疫功能受損的病人，隱球菌能夠進展活動，引起肺炎并經血行播散至全身。由于新型隱球菌對腦膜和腦實質有親和性，所以中樞神經系統是最常見的受累部位，其他少見的受侵部位有皮膚、骨骼、前列腺、肝、心、眼等。特征為輕微的炎癥反應。早期組織內有大量隱球菌成膠樣團塊，中性粒細胞減少、不化膿，僅有少數淋巴細胞和組織細胞浸潤。晚期病變為肉芽腫，肺部病變偶有干酪樣壞死和空洞形成。本菌通常經呼吸道進入人體。肺是感染的首發部位。正常人吸入隱球菌后，引起肺內感染，病變多僅局限于肺部，很少出現癥狀，常有自愈傾向。若因過度勞累或有免疫缺損的慢性病患者(如晚期惡性腫瘤、白血病、長期接受大劑量激素、廣譜抗生素及抗癌藥等治療)，吸入真菌后在肺內形成病灶，可經血行播散至全身，且多侵入中樞神經系統。