食管胃黏膜異位患者如無臨床癥狀，可暫不作特殊治療, 但由于異位胃黏膜具有泌酸功能，可引起食管潰瘍、出血或并發胃食管反流病，可進行抑酸治療。大多數患者采用常規劑量即可緩解癥狀。抑酸治療無效、癥狀頻繁、患者心理負擔重或可疑癌變可行內鏡下治療，包括內鏡下激光、氬氣刀及高頻電灼等，必要時可行內鏡下黏膜剝離切除。
