麥膠性腸病與進食麥粉關系密切，大量研究已證實麥膠可能是本病的致病因素，并認為發病原因是遺傳、免疫和麥膠飲食相互作用的結果。
麥膠性腸病患者對含麥膠（俗稱面筋）的麥粉食物異常敏感，大麥、小麥、黑麥、燕麥中的麥膠可被乙醇分解為麥膠蛋白（即麥素gliadin），其可能為本病的致病因素。正常人小腸黏膜細胞內有多肽分解酶，可將其分解為更小分子的無毒物質，但在活動性乳糜瀉病人，腸黏膜細胞酶活性不足，不能將其分解而致病。
