薄層層析法對樣品處理繁瑣，實驗過程復雜，所需時間多，易受雜質干擾，較適合于對AF的定性檢測，是研究AF初期所使用的主要方法。今后，雖然薄層層析法在不斷地改進，并在一般實驗室均可完成操作，但由于它復雜的前處理過程致使在應用中仍然會受到一定程度的限制。
高效液相色譜法測定AF，技術水平要求較高，目前采用這種方法檢測AF較多，但具體一次實驗所使用的化學藥劑和處理途徑差別很大，對實驗結果的精度造成影響，這種方法還應在實踐中進一步改進。但總體上說高效液相色譜法操作較為簡便，同時可檢測多個AF種類，適于大批量樣品的分析。將免疫親和柱與高效液相色譜法結合應用，是目前采用較多的一種方法，今后將被廣泛應用。
微柱法測定AF，主要是用來檢驗AF的存在與否以及快速篩選出超標樣品，而要對AF種類進行區分定量檢驗，則需要對不同AF組分進行分離，再利用其他方法檢測。因此，微柱法并不能完成整個AF檢測過程，僅適用于定性檢驗。
酶聯免疫吸附法操作簡便，使用較為安全，但由于酶本身的不穩定性，用此方法檢驗AF有可能帶來假陽、陰性結果，而且研制出的AF快速測試盒多以測定最具毒性的種屬為主，食品和飼料工業上利用它來界定食品或飼料中AF的超標問題。酶聯免疫吸附法的檢測精度還有待于提高。
溴化熒光分光光度法的最大優點是檢測時不使用AF對照品，同時快速、靈敏，適合大批量樣品普查，儀器價格也較低，張雪輝等比較了用SFB法和溴衍生HPLC檢測中藥中AF的結果，發現SFB法在測定中藥時可能出現許多假陽性結果。