21α-羥化酶基因定位于第6號染色體短臂P21，與HLA-A、-C、-B、-D和-DR位點相鄰，HLA型是顯性遺傳，在受累家庭成員的分析中，可區別同型合子、異型合子或非累個體。21α-羥化酶基因有兩個，P450c21A位于補體基因C4A的遠著絲粒端，P450c21B位于C4B的近著絲粒端，兩個基因的氨基酸序列98%同源，但是P450c21A并無編碼mRNA，是一個假基因。兩個基因長約3.3kb，各有10個外顯子。21α-羥化酶缺乏者60%~70%是酶基因點突變所致，基因缺乏占10%~30%，轉換約占10%。