CAPS技術又稱為PCR—RFLP，它實質上是PCR技術與RFLP技術結合的一種方法。CAPS的基本原理是利用己知位點的DNA序列資源設計出一套特異性的PCR引物（19—27bp），然后用這些引物擴增該位點上的某一DNA片段，接著用一種專一性的限制性內切酶切割所得擴增產物，凝膠電泳分離酶切片段，染色并進行RFLP分析。CAPS標記揭示的是特異PCR片段的限制性長度變異的信息。CAPS是一類共顯性分子標記，其優點是避免了RFLP分析中膜轉印這一步驟，又能保持RFLP分析的精確度。另外，由于很多限制性內切酶均可與擴增DNA酶切，所以檢測到多態性機會較大。