2013年4月初，中國科學院病原微生物與免疫學重點實驗室對H7N9禽流感病毒進行基因溯源研究顯示，H7N9禽流感病毒基因來自于東亞地區野鳥和中國上海、浙江、江蘇雞群的基因重配。而病毒自身基因變異可能是H7N9型禽流感病毒感染人并導致高死亡率的原因。
研究結果初步顯示，H7N9禽流感病毒暫未發現在豬群中的進化痕跡，暗示了豬在這次病毒基因重配中未發揮中間宿主的作用。
研究人員表示，該研究室病毒片段的重配研究結果顯示，H7N9禽流感病毒的8個基因片段中，H7片段與浙江鴨群中分離的禽流感病毒相似，浙江鴨群中的病毒往上追溯，與東亞地區野鳥中分離的禽流感病毒基因相似；N9片段與東亞地區野鳥中分離的禽流感病毒相似。其余6個基因片段與H9N2禽流感病毒相似。據病毒基因組比對和親緣分析顯示，H9N2禽流感病毒來源于中國上海、浙江、江蘇等地的雞群。
基因重配的發生地很有可能在中國的長三角地區，過程可能是亞歐大陸遷徙的野鳥（攜帶病毒）在自然遷徙過程中（經由韓國等東亞地區）和中國長三角地區的鴨群、雞群攜帶的禽流感病毒進行基因重配而產生。