靶功能
HLAⅠ類抗原分布于所有有核細胞。其抗原特異性在于肽鏈抗原決定簇的特定氨基酸順序。這些抗原可被外來物質例如某種病毒或化學物質加以改變，當這些基因產物被改變之后，便成為自身免疫原，成為免疫排除的靶子。可見，耙功能的實質在于“識別自我”，以保證機體的完整性。因此，分布于所有細胞及其多態性這一特點十分重要。
識別功能
HLA的識別功能實指在免疫反應中特有的協同作用。抗體在B細胞生成，但在多數情況下，需要巨噬細胞和T淋巴細胞參與。其過程是：抗原經巨噬細胞處理后，抗原信息傳遞給T輔助細胞，后者再將信息傳給B細胞，使B細胞進而分化生成專一抗體。在這個過程中，T輔助細胞不僅識別致敏巨噬細胞上的抗原，同時也要識別巨噬細胞是否與其本身的Ⅱ類抗原相一致。就是說，只有巨噬細胞的單體型和T輔助細胞的單體型相一致時，T輔助細胞才被激活，從而使免疫反應在嚴密的遺傳控制下進行。