由于 M13 噬菌體通過 F 質粒編碼的性纖毛進入宿主細胞內，故只能用雄性細菌來增殖病毒。 Messing 及其同事已經構建了許多攜帶 F' 質粒并便于 M13 載體進行基因操作的多種大腸桿菌菌株，其中最重要的遺傳標志有：
（1） lacZ D Ml5 lacZ 基因缺失突變體。
（2） D（lac-proAB）lac 基因缺失突變體。
（3） lacIq lacI 基因的突變體。
（4） proAB 細菌染色體上脯氨酸生物合成酶類的編碼區域。
（5） traD36 抑制 F' 因子接合轉移的突變。
（6） hsdRl7 與 hsdR 4 對大腸桿菌 K 株 Ⅰ 類限制 -修飾系統失去限制活性但仍保留修飾功能的突變體。
（7） recA1 大腸桿菌重組酶基因。
（8） supE 琥珀抑制基因。
在 M13 噬菌體載體中進行克隆時常用的宿主菌株如下。
JM101 supE D （lac-proAB）[F'traD 36 proAB + lac I q lacZ D M15]
JM105 JM101/ hsdR 4
JM107 JM101/ hsdR 17
JM109 JM101/ hsdR 17 recA1
TG1 JM101/ hsd D5（不修飾不限制）
XL1-Blue supE lac -hsdR 17 recA1 [F' proAB + lac I q lacZ D M15]Tn 10 （Tet r）