P53正常功能的喪失，最主要的方式是基因突變，通過腫瘤中大量的突變體分 析，證實大部分突變是位于4個突變熱點之一的錯義突變。這4個突變熱點是aa129～146、 171～179、234～260、270～287：正對應于P53基因進化最保守區段，體外實驗證實突 變體失去特異位點的結合能力，此外，突變體還可以改變P53的球形構象。例如，一些 突變體可與熱休克蛋白結合，一些突變引起213～217肽段的暴露，另外，一些則引起 酸性激活結構域的改變，這些突變提示P53的微小改變可引起遠離突變位點區段甚至 整個蛋白構象的改變。構象的改變不僅影響突變體，還影響野生型的功能。實驗證明，野生型突變體組成的四聚體不能與結合位點結合，也喪失對目的基因的方式激活作 用，突變體對野生型的結合失活。可以解釋內源野生型P53的負調控作用的解除，從而 引起細胞惡性病變，隨著研究的深入，對P53突變有了新的認識，Dan等認為腫瘤中 P53突變可分為三類：①零突變：即突變體無功能，不參與相互作用；②負突變：即失去負調控功能，并能使野生型失活，但并不直接參與致癌；③正突變：失去負調控功能，并獲得轉化能力，這種突變體可直細胞惡性轉化中代替癌基因起啟動作用。
P53失活機理是野生型P53以四聚體形式與特異位點結合，反式激活 下游生長抑制基因的表達，一系列的方式能使P53失活，在一些腫瘤中，單一或兩個 P53位點的喪失降低四聚體濃度，無義突變造成P53翻譯中斷，C端酸性結構域的丟失 影響四聚體形成；最常見的是錯義突變，野生型與突變體形成更穩定的四聚體，喪失 正常功能。