異基因造血干細胞移植能根除Ph+ 克隆，恢復正常造血，使大部分CML患者真正達到治愈。因而仍認為治愈CML的唯一方法是異基因造血干細胞移植。許多因素可影響異基因移植的效果，如患者性別和年齡、移植時所處的病期、供者來源（相關或不相關）、組織相容性及從診斷到移植的時間等。
1、移植時間
既往經驗表明，當病情進展到加速或急變期后實施異基因SCT后效果不佳，多數專家主張應在慢性期移植，結論是CML診斷后盡早（一年內）移植。
2、移植影響
有不同觀點，德國CML協作組的研究顯示移植前停用IFN3個月以上再做移植，與從未用過IFN的病人做移植的效果相同；移植前3個月內用IFN則增加移植相關死亡率。
3、來源
與骨髓相比，外周血采集物含有更多的CD34+ 細胞和10倍以上的淋巴細胞；移植后中性粒細胞和血小板的恢復均較快；慢性移植物抗宿主病（GVHD）的發生率較高和程度較重；移植后白血病復發率較低。
4、T細胞
去除供體的T細胞可預防GVHD，其代價為移植物被排斥率增加，免疫重建延遲、復發率增加。對去T細胞移植后預防性的輸注供體源的T細胞可降低復發率。
5、供體選擇
HLA相合的同胞供體仍是最佳選擇。其它可供選擇的有HLA相合或大部分相合的親屬供體、HLA相合的無關供體，HLA相合或大部分相合的臍帶血。非同胞間的配型須采用分子生物學方法。一般說來，HLA相合同胞間移植的效果優于無關供體移植。
6、預防復發
慢性期移植后5年內復發率為0～30%，主要取決于移植方案和GVHD預防方式。去T細胞處理、GVHD預防力度強和進展加速期移植者復發率高。
造血干細胞移植可使大部分CML患者獲得治愈，但仍有少數病例會出現復發，DLI為復發的治療提供了新的方法。異基因造血干細胞移植能治愈經選擇的CML患者，其治療作用依賴于移植物抗白血病作用，疾病復發后DLI可以重新誘導出現移植物抗白血病作用，并增強此作用，從而通過增強免疫治療控制疾病復發。