mRNA含A、U、G、C四種核苷酸，每三個相聯而成一個三聯體，即密碼，代表一個氨基酸的信息，故按數學中排列組合法則計算，可形成43=64個不同的密碼。
64個密碼中，61個密碼分別代表各種氨基酸。每種氨基酸少的只有一個密碼，多的可有6個，但以2個及4個的居多數。此外，UAA、UAG、UGA這三個密碼是肽鏈合成的終止信號，不代表任何氨基酸。在真核生物中，AUG既是甲硫氨酸的密碼，又是肽鏈合成的起始信號；而在原核生物中，GUG（在真核生物中是纈氨酸的密碼）和AUG樣，都是甲酰甲硫氨酸的密碼和肽鏈合成的起始相號。可見，除GUG外，所有的密碼從細菌到高等生物都能適用，這一點為生物的共同起源學說提供了有力的佐證。
必需指出：
①在mRNA整個分子中，從起始信號直至終止信號，其密碼的三聯體是連續的，密碼與密碼之間沒有間隔的核苷酸；
②起始信號AUG并非是mRNA的起始（5′端），而可以和5′端間隔若干個核苷酸；而且終止信號也不在mRNA的3′端。