在非理想的條件下，內切酶切割與識別位點相似但不完全相同的序列，這一現象稱星號活性。有人提出，這種"星號"活性可能是內切酶的一種普遍特性（1），如果提供給相應反應條件，所有內切酶都會出現非特異性切割。NEB已證實下列酶存在星號活性：Apo I（2）、Ase I（2）、BamH I（3）、BssH II（2）、EcoR I（4）、EcoR V（5）、Hind III（1）、Hinf I（6、7）、Pst I（8）、Pvu II（9）、Sal I（8）、Sca I（2）、Taq I（10）、Xmn I（2）。
酶識別特異性的改變受酶本身的性質及可能引起星號活性的反應條件影響。常見的引起酶識別改變的條件有：單堿基替換、識別序列外側堿基縮短以及單鏈切刻（10）。Polisky等（4）對EcoR I的早期研究表明，在低鹽濃度、高pH值條件下，EcoR I可能切割N/AATTN序列；最近，Gardner等（11）的研究表明，只要識別中心的四堿基序列（AATT）不出現A/T替換，EcoR I可以切割其它任何單堿基替代序列。
大多數星號活性是可以控制的，做酶切反應時一般不考慮這方面的因素。只要在正常條件下，使用隨酶提供的NEBuffer，NEB的酶就不會出現星號活性。下面列出了導致或抑制星號活性的因素。
導致星號活性的因素：
較高的甘油濃度（>5% v/v）；
酶與底物DNA比例過高（不同的酶情況不同，通常為>100 U/μg）；
低鹽濃度（<25 mM）
高pH值（>pH 8.0）
存在有機溶劑（如DMSO、乙醇(9)、乙烯乙二醇、二甲基乙酰胺、二甲基甲酰胺、sulphalane(12)等）
用其他二價離子替代鎂離子（如Mn++，Cu++，Co++，Zn++等）
以上因素的影響程度因酶的不同而有所不同。例如EcoR I比 Pst I對甘油濃度更敏感，而后者則對高pH值更敏感一些(2)。
抑制星號活性的方法：
盡量用較少的酶進行完全消化反應。這樣可以避免過度消化以及過高的甘油濃度。
盡量避免有機溶劑（如制備DNA時引入的乙醇）的污染。
將離子濃度提高到100-150 mM（若酶活性不受離子強度影響）。
將反應緩沖液的pH值降到7.0。
二價離子用Mg++。