酶切反應條件如下：在20 μl PCR產物混合體系中加入5U的內切酶，按相應的反應溫度溫育1小時。通常20 μl PCR產物體系中含有1 μg底物DNA，1單位的Vent DNA聚合酶，1× ThermoPol Buffer [10 mM KCl， 20 mM Tris-HCl （PH 8.8@25°C），10 mM (NH4)2SO4, 2 mM MgSO4和0.1% Triton X-100]，以及終濃度為200 μM的dNTPs。表中標記有*的內切酶在酶切反應前需加入NaCl（終濃度為100 mM）或相應的10× NEBuffer（1×終濃度）。
注意：在非最佳條件下進行酶切反應容易出現星號活性。要避免星號活性或希望取得更好的酶切效果，則需用乙醇沉淀純化DNA，再將其溶解于相應的酶切緩沖液。此外，如果使用不純的DNA聚合酶，會因其中混有其它核酸酶而影響整個反應結果。
+++表示完全切割；++表示約50%被完全切割；+表示約25%被完全切割。
| 酶 | 在反應物中的活性 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Aat II | + + + | ||||||||
| Acc I | + | ||||||||
| Acc65 I | + + | ||||||||
| Aci I | + + + | ||||||||
| Acl I | + + | ||||||||
| Afl II | + + + | ||||||||
| Afl III | + + | ||||||||
| Age I | + + + | ||||||||
| Ahd I | + + | ||||||||
| Alu I | + + + | ||||||||
| Alw I | + + | ||||||||
| AlwN I | + + | ||||||||
| Apa I | + ++ | ||||||||
| ApaL I | + + + | ||||||||
| Apo I | + + | ||||||||
| Asc I | + + + | ||||||||
| Ase I | + | ||||||||
| Ava I | + + + | ||||||||
| Ava II | + + | ||||||||
| Avr II | + + + | ||||||||
| Bae I | none | ||||||||
| BamH I | |||||||||
| Ban I | + + + | ||||||||
| Ban II | + + + | ||||||||
| Bbs I | + + + | ||||||||
| Bbv I | + + | ||||||||
| Bcg I | + + | ||||||||
| BciV I | + + | ||||||||
| Bcl I | + + + | ||||||||
| Bfa I | none | ||||||||
| Bgl I | + | ||||||||
| Bgl II | + + + | ||||||||
| Blp I | + + + | ||||||||
| Bmr I | |||||||||
| Bpm I | + + | ||||||||
| Bsa I | + | ||||||||
| BsaA I | + + + | ||||||||
| BsaB I | + + | ||||||||
| BsaH I | + + + | ||||||||
| BsaJ I | + + + | ||||||||
| BsaW I | + + | ||||||||
| BseR I | + + + | ||||||||
| Bsg I | + + | ||||||||
| BsiE I | + + | ||||||||
| BsiHKA I * | + + | ||||||||
| BsiW I | + + | ||||||||
| Bsl I | + + | ||||||||
| Bsm I | + + + | ||||||||
| BsmB I | + + | ||||||||
| BsmF I | + + | ||||||||
| BsoB I | + + + | ||||||||
| Bsp1286 I | + + + | ||||||||
| BspD I | + + | ||||||||
| BspE I * | + + + | ||||||||
| BspH I | + + | ||||||||
| BspM I | none | ||||||||
| Bsr I | + + + | ||||||||
| BsrB I | + + + | ||||||||
| BsrD I | + + | ||||||||
| BsrF I | + + | ||||||||
| BsrG I | + + | ||||||||
| BssH II | + + | ||||||||
| BssK I | + + | ||||||||
| BssS I | + + + | ||||||||
| BstB I | + + + | ||||||||
| BstE I | + + + | ||||||||
| BstN I | + + | ||||||||
| BstU I | + + | ||||||||
| BstX I | + + + | ||||||||
| BstY I | + + | ||||||||
| BstZ17 I | + + | ||||||||
| Bsu36 I | + + + | ||||||||
| Btg I | |||||||||
| Bts I | |||||||||
| Cac8 I | + + + | ||||||||
| Cla I | + + | ||||||||
| Dde I | + + + | ||||||||
| Dpn I | (none, requires methylated substrate) | ||||||||
| Dpn II | + + + | ||||||||
| Dra I | + + | ||||||||
| Dra III * | + + + | ||||||||
| Drd I | + + | ||||||||
| Eae I | + + + | ||||||||
| Eag I | + | ||||||||
| Ear I | + + + | ||||||||
| EcoN I | + + | ||||||||
| EcoO109 I | + + + | ||||||||
| EcoR I | + + | ||||||||
| EcoR V | + + + | ||||||||
| Fnu4H I | + + + | ||||||||
| Fok I | none | ||||||||
| Fse I | + + + | ||||||||
| Fsp I | + + | ||||||||
| Hae II | + + + | ||||||||
| Hae III | + + + | ||||||||
| Hga I | + + + | ||||||||
| Hha I |
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