臨床上最常用的方法。適用于無感染的病例。切口一般選擇在上腹包塊隆起較顯著處。手術顯露包蟲囊腫后，用濕紗布墊保護切口與周圍臟器，紗布墊上再鋪一層浸有10%甲醛溶液的紗布。在無膽汁漏情況下，再注入10%甲醛溶液殺滅頭節，5min后吸出，如此反復2～3次，最后將囊內液體盡量吸凈。注入甲醛溶液，濃度不宜過高，以免吸收中毒和外囊內壁呈硬化性改變或壞死。囊液吸凈后，外囊切口做內翻縫合，以消滅殘腔。一般囊內可不放置引流。完整內囊摘除術是肝包蟲最理想的手術方法，適應證選擇嚴格，要求有良好的麻醉，術者有嫻熟的手術技能，助手協調的配合，該術式危險系數大。隨著肝外科的進展及對肝包蟲病病理生理學知識的增加，對手術不僅切除寄生蟲外生囊，同時一并切除因寄生蟲囊腫引起的囊周肝實質病變區，即清除或減少在塌陷封閉囊腔過程中的障礙。內囊摘除外囊內翻縫合或內囊摘除外囊內翻縫合加置管引流術，此法是應用多年，各地采用最多的一種術式，約占肝包蟲手術病人的96%，療效確切。