在凝膠層析中十分重要，常用的抑菌劑有:
⑴疊氨鈉（NaN3）
在凝膠層析中只要用0.02%疊氮鈉已足夠防止微生物的生長，疊氮鈉易溶一水，在20℃時約為40%；它不與蛋白質或碳水化合物相互作用，因此疊氮鈉不影響抗體活力；不會改變蛋白質和碳水化合物的層析我特性。疊氮鈉可干擾熒光標記蛋白質。
⑵可樂酮[Cl3C-C(OH)(CH3)2]
在凝膠層析中使用濃度為0.01-0.02%。在微酸性溶液中它的殺菌效果最佳，在強堿性溶液中或溫度高于60℃時易引起分解而失效。
⑶乙基汞代巰基水楊酸鈉
在凝膠層析中作為抑菌劑使用濃度為0.05-0. 01%。在微酸性溶液中最為有效。重金屬離子可使乙基代巰基的物質結合，因而包含疏基的蛋白質可在不同程度上降低它的抑菌效果。
⑷苯基汞代鹽
在凝膠層析中使用濃度為0.001-0.01%。在微堿性溶液中抑效果最佳，長時間放置時可與鹵素、硝酸根離子作用而產生沉淀；還原劑可引起此化合物分解；含疏基的物質亦可降低或抑制它的抑菌作用。