首先要避開的雷區如下：
1、蛋白凝膠電泳：一般此類凝膠采用考染或銀染，白光透射成像。對于小型凝膠您可以選擇一般的凝膠成像設備，但是對于大型凝膠，特別是雙向電泳凝膠，掃描成像是好選擇。因為CCD拍照成像會有幾何扭曲，其透鏡效應也會導致不同區域的信號強度差異，另外CCD拍照也無法保證不同凝膠的成像參數保持一致。
2、化學發光成像：真正需要花心思考察的可能就是準備做化學發光的用戶，他們對敏感度要求高，同時還要求比較寬的動態范圍。要想捕獲到微弱的化學發光，需要很好的CCD相機和鏡頭。而化學發光是目前常用的蛋白印跡檢測手段，冷CCD拍照成像對這種微弱的光信號是最合適的。
3、熒光凝膠成像：熒光是所有這些檢測手段中有前景的技術。這不僅僅是因為熒光染料具有最寬的動態范圍，還因為它能夠提供多通路的檢測途徑。若使用單一熒光檢測，這時凝膠成像設備的需要考慮到新的激光光源和相應的濾光片;若需要對鄰近或重疊的目標分子進行成像，那么多通道熒光檢測就是不二之選，這時掃描成像絕對是較佳選擇。
其次儀器操作安全性，安全性是用戶考慮的一大問題。由于涉及到EB和各種DNA染料的因素，操作過程會否對操作者本身或者操作環境造成污染，這是需要考量的。