凝膠色譜儀是以多孔性物質（凝膠）作為固定相，樣品分子受固定相孔徑大小的影響而實現分離。小分子可以擴散到凝膠空隙中通過，出峰最慢。中等分子只能通過部分凝膠空隙，中速通過。大分子被排斥在外，出峰最快。溶劑分子最小，在最后出峰。
排阻極限是指不能進入凝膠色譜柱凝膠空隙內的最小分子分子量。所有分子量大于排阻極限的分子都不能進入凝膠空隙內，直接從凝膠顆粒外流出，被最先洗脫出來。排阻極限代表一種凝膠能有效分離的最大分子分子量，大于這種排阻極限的分子用這種凝膠不能得到分離。
滲透極限是指能夠完全進入凝膠色譜柱凝膠空隙內的最大分子分子量。
在選擇固定相時，應使欲分離樣品分子的分子量在固定相的滲透極限和排阻極限之間。