1. 分子雜交儀的種類較多，根據實驗的需求，可以分為6大類：
1) 用于大容量的分子雜交儀。
2) 用于 Southern或者 Northern技術點雜交的雜交儀。
3) 用于小容量的核酸雜交儀。
4) 微孔板原位雜交儀。
5) 載玻片原位雜交和平板雜交儀。
6) Western雜交儀。
2. 按自動化程度可將分子雜交儀分為三大類：
1) 普通分子雜交儀：普通分子雜交儀一般為封閉式恒溫箱式結構，另加上振蕩或旋轉式可動機構，控制系統實現溫度控制、轉速等實驗參數的控制和調整。
2) 半自動分子雜交儀：半自動分子雜交儀不僅能完成普通分子雜交儀在雜交過程中各種參數的控制，還能在人工干預下進行雜交后的其他實驗步驟，如孵育、顯色等。
3) 全自動分子雜交儀：全自動分子雜交儀目前主要應用于基因芯片產品，可以實現整個雜交過程的自動化，雜交過程中無需人工參與。基因組DNA與芯片上特異的DNA探針在特定溫度條件下進行反應，經過雜交、洗膜、孵育、顯色等步驟最終得到檢測結果，整個過程都由全自動分子雜交儀自動完成。