分子生物學檢測法是通過檢測病毒核酸( DNA,RNA) 來證實病毒的存在。由于是從核酸的水平來檢測病毒, 所以比血清學方法的靈敏度更高, 可檢測到皮克(pg)級甚至飛克(fg)級, 并且特異性更強； 檢測病毒的范圍更廣, 對各種病毒、類病毒都可以檢測, 并且可以進行大批量的樣本檢測。由于分子生物學檢測方法有其他檢測方法無可替代的優點而使此種方法在植物病毒檢測中迅速地得以廣泛應用。
