減數分裂過程中未對齊的同源染色體之間發生的不平等交叉引起的復制稱為異位重組。
不平等交叉是在基因組中對部分區域DNA片段進行復制最有效的方法。發生這種情況的可能性取決于兩條染色體之間重復元件的共享程度。該重組的產物是交換位點的重復和相互刪除。
異位重組通常由復制斷裂點處的序列相似性介導，形成直接重復。重復遺傳元件如轉座因子提供了一個復制所需重復DNA的來源，可以促進重組。轉座子通常出現在植物和哺乳動物的復制斷點處 。
