胃手術切除了幽門或迷走神經干切斷使幽門失去神經支配，十二指腸內容物返流入胃的機會明顯增多。其中的膽酸可溶解脂蛋白而破壞胃粘膜的屏障作用，H+即進入胃腔，而H+則由胃腔進入胃粘膜。進入胃粘膜內的H+又可刺激肥大細胞釋放組胺。后者再刺激胃酸和胃蛋白酶的分泌，進而加重胃粘膜的損傷，并產生炎癥、糜爛和潰瘍。十二指腸液中的胰液與膽酸對胃粘膜的損傷更有協同作用。此外，胃手術尤其是畢氏Ⅱ式手術后，對胃粘膜屏障有加強作用、能抵抗H+逆向彌散作用的胃泌素分泌減少，使胃粘膜的屏障機能削弱，也是反流性胃炎發病的因素之一。 [1]
具體地說，胃切除后膽汁返流性胃炎的原因有：
（1）胃大部切除術后，幽門括約肌被切除，失去防止膽汁返流的結構。
（2）幽門括約肌功能失調，幽門呈開放狀態，十二指腸更暢通無阻，膽汁返流入胃，這種狀態的病人較多。或因幽門螺旋桿菌感染，致使幽門炎癥、水腫、感染，幽門括約肌功能失調。
（3）膽囊結石、長期吸煙、飲酒、高脂肪飲食等也會引起膽汁返流。