隨著磁珠法核酸提取技術的日益普及，基于磁珠法核酸提取開發的全自動核酸提取儀，因其高通量、自動化、減少操作者與試劑及樣本的接觸、減少人工操作引起的誤差，結果穩定，重復性好等特點使得全自動核酸提取儀越來越被市場所接受。目前市場上基于磁珠法的核酸提取儀大致可分為兩類：移液式和磁棒式。
本文著重介紹磁棒式核酸提取儀在實際操作中可能會遇到的問題，及相應的解決方案。
1、手工提取與上機提取結果存在顯著差異
磁棒式核酸提取儀通常采用磁保護套（攪拌套）來轉移磁珠、混勻液體，深孔板底部采用加熱模塊加熱深孔板孔內的液體，從而模擬手工操作的流程。手工提取的實驗結果只能說明手工操作流程及試劑質量沒有問題，轉移到儀器上后，要綜合考慮。
磁珠法通用的操作流程：裂解、結合、洗滌、洗脫，在手工操作時都可以分步驟實現，而在上機操作時考慮到最大限度避免人工操作，通常會把裂解與結合放在一個孔位內進行，客戶一般會采用醇類作為結合液，這樣操作不但稀釋了裂解液，還影響裂解效率，而且由于孔位內液體溫度不斷升高，導致醇類揮發影響結合效率。此外，儀器一般采用底部加熱模式，孔位內的溫度不能以儀器設置溫度為標準，不同廠家的儀器之間加熱效率也會有所不同，所以單說裂解這一步就需要對上機的體系進行一些優化。
2、儀器孔位之間提取效率有所差異
磁棒式核酸提取儀通常采用卡片或彈簧鋼珠固定96孔深孔板，底部有凹槽形的加熱條，在進行有加熱條件的實驗時，如果深孔板的孔位與底部加熱凹槽貼合的不緊密，會直接影響實驗結果，這種情況導致孔位間的實驗結果不穩定是隨機出現的。如果發現某一固定孔位的提取結果總是與其他孔位相差比較大，可以考慮儀器加熱模塊是否有問題，同時觀察該孔位的上游裂解孔位內是否有磁珠殘留，可用空白樣本檢測儀器在孔位間的轉移磁珠能力是否徹底。
3、上機提取時加入的洗脫液體積與實際得到的核酸溶液體積存在顯著差異
目前市場大多數的磁棒式核酸提取儀的加熱模塊位于96孔深孔板的第一、六、七、十二列，第一、第七列絕大多數作為裂解結合孔位使用，而第六、第十二列作為洗脫孔位使用，由于大多數的提取實驗在裂解結合步驟需要加熱、而第六列與第七列相鄰，由于熱傳導效應的存在，使得裂解加熱時同樣也會導致位于第六列內的洗脫液溫度升高，從而導致洗脫液蒸發，由于洗脫液的體積較小（50ul-200ul），使得實際得到的核酸溶液體積相比于加入的洗脫液體系有較大差異。
綜上，在實際操作中，手工方案一般無法照搬至上機方案中，需要根據儀器、耗材、試劑的配合情況進行細節上的優化，為了提高效率，建議廣大用戶使用成熟的核酸自動化提取方案，吉恩特生物現有各類常見生物材料的自動化DNA提取方案，歡迎各位老師與高經理交流洽談與討