前列腺液培養發現致病病原體是選擇抗菌藥物治療的依據。非細菌性前列腺炎患者若有細菌感染征象，經一般療法治療無效，亦可適當采用抗菌藥物治療。抗菌藥物的選擇需注意前列腺腺泡與微循環間存在由類脂膜構成的前列腺-血屏障，從屏障妨礙水溶性抗生素通過，大大降低治療效果。當有前列腺結石存在時，結石可成為細菌的庇護體。上述諸因素構成了慢性細菌性前列腺炎治療上的困難，需要較長的療程，且容易復發。
目前多主張喹諾酮類藥物如氧氟沙星或左旋氧氟沙星。若無效繼續用8周。復發且菌種不變，改用預防劑量以減少急性發作，使癥狀減退。長期應用抗生素若誘發嚴重副反應，如假膜性腸炎、腹瀉，腸道耐藥菌株滋長等，需更換治療方案。非細菌性前列腺炎是否適宜使用抗菌藥物治療，臨床上仍有爭論。“無菌性”前列腺炎患者也可使用對細菌和支原體有效的藥物，如喹諾酮類藥物，SMZ-TMP或單用TMP，與四環素、喹諾酮類藥物并用或間隔使用。如果抗生素治療無效，確認為無菌性前列腺炎者，則停用抗生素治療。此外，用雙球囊導尿管封閉前列腺部尿道，從尿道腔注入抗生素溶液反流入前列腺管，亦可達到治療目的。
I型主要是廣譜抗生素，對癥治療和支持治療。Ⅱ型推薦以口服抗生素為主，選擇敏感性藥物，療程為4～6周，期間應對患者進行療效階段性評價。Ⅲ型可先口服抗生素2～4周，再評估療效。同時輔以非甾體抗炎藥，α受體拮抗劑，M受體拮抗劑等改善排尿癥狀和疼痛。IV型無需治療。
