1、原理上的區別
化學發光法依據化學檢測體系中待測物濃度與體系的化學發光強度在一定條件下呈線性定量關系的原理，利用儀器對體系化學發光強度的檢測，而確定待測物含量。
酶聯免疫法原理是在測定時把受檢標本和酶標抗原或抗體與固相載體表面的抗原或抗體起反應加入酶反應的底物后，底物被酶催化變為有色產物，產物的量與標本中受檢物質的量直接相關，故可根據顏色反應的深淺來進行定性或定量分析。
2、分類上的區別
化學發光法依據供能反應的特點，可將化學發光分析法分為普通化學發光分析法，供能反應為一般化學反應；生物化學發光分析法，供能反應為生物化學反應；電致化學發光分析法，供能反應為電化學反應。根據測定方法又可分為直接測定CL分析法、偶合反應CL分析法等。
酶聯免疫法根據測定方法可分為雙抗體夾心法；雙位點一步法；間接法測抗體法，利用酶標記的抗體以檢測已與固相結合的受檢抗體；競爭法，以測定抗原為例，受檢抗原和酶標抗原競爭與固相抗體結合，因此結合于固相的酶標抗原量與受檢抗原的量呈反比。