三、現代微生物學時期
近幾十年來，由于生物化學、遺傳學、細胞生物學、分子生物學等學科的發展，以及電子顯微鏡、氣相、液相色譜技術、免疫學技術、單克隆抗體技術、分子生物學技術的進步，促進了醫學微生物學的發展。人們得以從分子水平上探討病原微生物的基因結構與功能、致病的物質基礎及診斷方法，使人們對病原微生物的活動規律有了更深刻的認識。相繼發現了一些新的病原微生物，如軍團菌、彎曲菌、拉沙熱病毒、馬堡病毒及人類免疫缺陷病毒等。
1967～1971年美國植物病毒學家Diener等發現馬鈴薯紡錘形塊莖病的原原是一種不具有蛋白質的RNa ，分子量約為100，000，這類致病因子被稱為類病毒 (Viroid)。隨后在研究類病毒的過程中又發現一種引起苜蓿等植物病害的擬病毒(Virusoid)。1982年發現引起羊搔癢病的病原為一分子量27KD的蛋白，稱朊病毒(Virino)。1983年有關國際會議上將這些病原因子統稱為亞病毒(Subvirus)。人類中亦可能存在亞病毒，例如人類的C-J病(Creutzfeldt-Jakob disease)、庫魯病(Kuru disease)等可能由朊病毒或蛋白侵染因子(Prion)引起。
近十幾年來，病原微生物迅速檢驗診斷方法發展很快。ELISA快速檢測抗原及抗體技術已被普遍應用，簡化了過去繁瑣的微生物學檢驗手續，特別是通過采用單克隆抗體，進一步提高了檢測的特異性和敏感性。目前已制備出許多診斷試劑盒，其中病毒快速診斷試劑盒的廣泛應用，使過去長期難以實現的病毒病的快速實驗室診斷成為現實。目前許多實驗室正在探索將基因探針和聚合酶鏈反應(PCR)用于微生物的快速檢驗中。
在傳染病的預防方面，目前大多數嚴重危害人類健康的病原微生物均已研制出相應的疫苗。1980年世界衛生組織宣布在全球消滅了天花，這是人類完全依靠自身力量徹底消滅的第一種烈性傳染病，其最根本的措施即是牛痘苗的普遍接種。各種疫苗的廣泛接種，已成為當今人類對付許多傳染病的最有效和最經濟的手段。醫.學.全.在線.網.站.提供
在傳染病的治療方面，新的抗生素不斷被制造出來，有效地控制了細菌性傳染病的流行。相比之下，抗病毒藥物的研究進展較慢。近年來應用細胞因子（如白細胞介素Ⅱ、干擾素等)治療某些病毒性疾病，已取得一定療效。另外，單克隆抗體及基因治療等手段在病毒性疾病治療中的應用研究也日益廣泛和深入。
1957年澳大利亞學者伯內特(Burnet. F. M)根據前人的工作和他自己的研究。提出了著名的“細胞系選擇學說”，使免疫學進入了生物醫學新領域。特別是近二十年來，免疫學發展十分迅速，其范圍涉及細胞生物學、分子生物學、分子遺傳學等生物學的許多方面和臨床各學科，遠遠超出了以往感染免疫的傳統概念，已獨立成為醫學和生物學中極為重要的基礎學科之一。
雖然人類在醫學微生物學領域及控制傳染病方面已取得巨大成就，但至今仍有一些傳染病的病原體尚未完全認識，某些疾病還缺乏有效的防治方法。因此，醫學微生物學今后要加強對病原微生物的生物學性狀和致病性研究，建立特異的快速、早期診斷方法；研制新疫苗和改進原有疫苗，以提高防治效果。要加強感染免疫的研究，尋找或人工合成能調動和提高機體防御機能的非特異性和特異性物質。要加強基因工程學的研究，除制備供診斷、預防、治療及研究用的制劑外，并能對一些與微生物感染有關的遺傳性疾病采用基因療法，以徹底治愈這類病癥。要繼續加強與免疫學、生物化學、遺傳學、細胞生物學、組織學、病理學等學科的聯系和協作，采用先進技術，尤其是分子生物學技術。只有這樣，才能加快醫學微生物學的發展，為早日控制和消滅危害人類健康的各種傳染病作出貢獻。