1、按生產工藝流程布置。流程盡可能短，減少交叉往復，人流、物流走向合理。須配備人員凈化室(存外衣室、盥洗室、穿潔凈工作服室及緩沖室)、物料凈化室(脫外包間、緩沖室和雙層傳遞窗)，除配備產品工序要求的用室外，還應配備潔具室、洗衣間、暫存室、工位器具清洗間等，每間用室相互獨立，潔凈車間的面積應在適應基本要求前提下，與生產規模相適應。
2、按空氣潔凈度級別，可以寫成按人的流動方向，從低到高；車間是從內向外，由高到低。
3、同一潔凈室(區)內或相鄰潔凈室(區)間不產生交叉污染
1)生產過程和原材料不會對產品質量產生相互影響；
2)不同級別的潔凈室(區)之間有氣閘室或防污染措施，物料的傳送通過雙層傳遞窗。
4、空氣凈化應符合GB 50457-2008《醫藥工業潔凈廠房設計規范》第九章的要求。
潔凈室里的新鮮空氣量，應取下列較大值：
1)補償室內排風量和保持室內正壓所需新鮮空氣量；
2)室內沒人新鮮空氣不應小于40立方米/h。
5、潔凈室人均面積應不少于4㎡(除走廊、設備等物品外)，要有安全的操作區域。
6、如屬體外診斷試劑的應符合《體外診斷試劑生產實施細則(試行)》的要求。其中陰性、陽性血清、質粒或血液制品的處理操作應當在起碼萬級環境下進行，與相鄰區或保持相對負壓，并符合防護要求。
7、應標明回風、送風及制水管道的走向。